Eclipse上からDoxygenを使用するプラグイン eclox があります。Eclipse 3.3以上対応で、本日現在 ver.0.8.0が最新です。オンライン更新サイトおよびパッケージアーカイブのダウンロードの2つが用意されています。
雑感
Eclipse上からDoxygen設定ファイルをGUI的に編集する機能がありますが、保存したファイルがUTF-8にならず、プロジェクト名等で日本語を入れた部分が化けてしまいます。現時点では、Doxyge設定ファイルは本プラグインではなくエディタで作成するのがよさそうです。
インストール（ダウンロード方法）
情報セキュリティ過剰反応でインターネットにアクセスできないソフトウェア開発現場なので、ダウンロードして利用する手段でインストールします。
使い方を紹介しているサイト
使い方は、既にいくつか日本語で紹介しているサイトがあるのでリンクを紹介するにとどめます。
