調べてみたところ、いくつかツールがあることがわかりました。
CSDiff
http://www.componentsoftware.com/products/CSDiff/index.htm
Word文書同士を比較し、差分をWordの修正履歴のように表示した文書を表示します。実行結果の表示にWordを使用するので、CSDiffの実行にはWordが必要となります。
xdocdiff
http://freemind.s57.xrea.com/xdocdiff/
バージョン管理ツールSubversionのWindows Explorer拡張機能TortoiseSVNに追加するツール。Microsoft Word/Excel/PowerPoint文書、PDF文書の差分情報を、一度テキスト形式に変換して比較することによってTortoiseSVNの差分ビューアに表示させています。