たまたまUNIX上でPerlで作ったスクリプトが日本語EUCコードでプリント出力しているので、
そのままCygwinで動かすと文字化けしてしまいます。
Cygwinのinetdを起動してtelnet経由でアクセスするならEUCでも対応できるのですが、
いかんせん面倒くさいです。
ちょっと探してみると
ck terminal emulator
http://www.geocities.jp/cygwin_ck/
出力がSJISでもEUC-jpでも文字化けせずに表示してくれるので、ありがたい。